BLAST എന്തിനുവേണ്ടിയാണ് ഉപയോഗിക്കുന്നത്?
Aസീക്വൻസുകൾ തമ്മിലുള്ള പ്രാദേശിക സാമാനതയുള്ള പ്രദേശങ്ങൾ കണ്ടെത്തൽ
Bഒന്നിലധികം സീക്വസുകൾ ഒരേ സമയം വിന്യസിക്കുന്നു
Cപ്രോടീൻ ഘടന പ്രവചിക്കുന്നു
Dജെനോമിക് ഡാറ്റാ വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നു
Answer:
A. സീക്വൻസുകൾ തമ്മിലുള്ള പ്രാദേശിക സാമാനതയുള്ള പ്രദേശങ്ങൾ കണ്ടെത്തൽ
Read Explanation:
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
- BLAST എന്നത് ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്സിൽ (Bioinformatics) വ്യാപകമായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഒരു കമ്പ്യൂട്ടർ പ്രോഗ്രാമാണ്.
- രണ്ട് സീക്വൻസുകൾ (ഡിഎൻഎ, ആർഎൻഎ, അല്ലെങ്കിൽ പ്രോട്ടീൻ) തമ്മിൽ പ്രാദേശിക സാമ്യമുള്ള (local similarity) പ്രദേശങ്ങൾ കണ്ടെത്താനാണ് ഇത് പ്രാഥമികമായി ഉപയോഗിക്കുന്നത്.
പ്രധാന ഉപയോഗങ്ങൾ
- ഒരു പുതിയ ജീൻ സീക്വൻസ് ഒരു വലിയ ഡാറ്റാബേസിലെ (ഉദാഹരണത്തിന്, GenBank) നിലവിലുള്ള സീക്വൻസുകളുമായി താരതമ്യം ചെയ്ത് സാമ്യമുള്ളവ കണ്ടെത്താൻ സഹായിക്കുന്നു.
- ഒരു ജീനിന്റെ അല്ലെങ്കിൽ പ്രോട്ടീന്റെ പ്രവർത്തനം (function) പ്രവചിക്കാൻ ഇത് സഹായിക്കും. അറിയപ്പെടുന്ന ഒരു സീക്വൻസുമായി പുതിയ സീക്വൻസിന് സാമ്യമുണ്ടെങ്കിൽ, സമാനമായ പ്രവർത്തനം പ്രതീക്ഷിക്കാം.
- വിവിധ ജീവിവർഗ്ഗങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള പരിണാമപരമായ ബന്ധങ്ങൾ (evolutionary relationships) മനസ്സിലാക്കുന്നതിനും BLAST ഉപയോഗപ്രദമാണ്.
- ഒരു പുതിയ ജീവിവർഗ്ഗത്തിലെ ജീനുകളെ തിരിച്ചറിയുന്നതിനും, അതിന്റെ സ്ഥാനങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ ലഭിക്കുന്നതിനും ഇത് സഹായകമാണ്.
മത്സര പരീക്ഷകൾക്കായുള്ള പ്രധാന വസ്തുതകൾ
- പൂർണ്ണ രൂപം: BLAST എന്നാൽ Basic Local Alignment Search Tool ആണ്.
- ഇത് വികസിപ്പിച്ചത് National Center for Biotechnology Information (NCBI) ആണ്.
- BLAST ന്റെ പ്രധാന തത്വം ഒരു "ക്വറി സീക്വൻസിനെ" (നിങ്ങൾ തിരയുന്ന സീക്വൻസ്) ഒരു വലിയ "ഡാറ്റാബേസിലെ" (അറിയപ്പെടുന്ന സീക്വൻസുകൾ അടങ്ങിയ ശേഖരം) സീക്വൻസുകളുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുക എന്നതാണ്.
- വ്യത്യസ്ത തരം സീക്വൻസുകൾക്കായി BLAST-ന് വിവിധ പതിപ്പുകളുണ്ട്:
- BLASTN: ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് സീക്വൻസുകൾ (DNA/RNA) തമ്മിൽ താരതമ്യം ചെയ്യാൻ.
- BLASTP: പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾ തമ്മിൽ താരതമ്യം ചെയ്യാൻ.
- BLASTX: ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് സീക്വൻസിനെ അതിന്റെ ആറ് ഫ്രെയിമുകളിലുള്ള പ്രോട്ടീൻ ട്രാൻസ്ലേഷനുമായി താരതമ്യം ചെയ്യാൻ (പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റാബേസിലേക്ക്).
- TBLASTN: പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസിനെ ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഡാറ്റാബേസിന്റെ ആറ് ഫ്രെയിമുകളിലുള്ള ട്രാൻസ്ലേഷനുമായി താരതമ്യം ചെയ്യാൻ.
- TBLASTX: ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് സീക്വൻസിന്റെ ആറ് ഫ്രെയിമുകളിലുള്ള ട്രാൻസ്ലേഷനെ മറ്റൊരു ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഡാറ്റാബേസിന്റെ ആറ് ഫ്രെയിമുകളിലുള്ള ട്രാൻസ്ലേഷനുമായി താരതമ്യം ചെയ്യാൻ (അതായത്, പ്രോട്ടീൻ-പ്രോട്ടീൻ താരതമ്യം, പക്ഷേ ഇൻപുട്ട് രണ്ടും ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ്).
- BLAST ഫലങ്ങളിൽ കാണുന്ന E-value (Expect value) എന്നത് യാദൃശ്ചികമായി ഈയൊരു സാമ്യം ഉണ്ടാകാനുള്ള സാധ്യതയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. E-value കുറയുന്നത് സാമ്യം കൂടുതൽ പ്രാധാന്യമുള്ളതാണെന്ന് കാണിക്കുന്നു.
- Bit score എന്നത് ഒരു അലൈൻമെന്റിന്റെ (alignment) ഗുണമേന്മയെ സൂചിപ്പിക്കുന്ന ഒരു raw score ആണ്. ഉയർന്ന Bit score മികച്ച അലൈൻമെന്റിനെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു.