"At" is the correct preposition for directing a glance(നോട്ടം). "Over" means above, "on" means on the surface, and "in" means inside, none of which fit the context of looking at the clock.
He looked at the clock and realized he was late. / ക്ലോക്കിലേക്ക് നോക്കിയപ്പോൾ താൻ വൈകിയെന്ന് മനസ്സിലായി.
