Question

പ്രോടീൻ സ്വീക്ക്ൻസുകൾ സംഭരിക്കുന്നതിനായി പ്രത്യേകം രൂപ കല്പ്പന ചെയ്തിട്ടുള്ള ഡാറ്റബസുകളിൽ ഏതാണ്? A) B) C) D)

• A. ഇ എം ബി എൽ ( EMBL)
• B. ജെൻ ബാങ്ക്
• C. സ്വിസ് -പ്രോട്ട്
• D. ഡി ഡി ബി ജെ (DDBJ)

Answer 1

Answer:

C. സ്വിസ് -പ്രോട്ട്

പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസുകൾ: സ്വിസ്-പ്രോട്ട് (Swiss-Prot)

• എന്താണ് സ്വിസ്-പ്രോട്ട്?

  • സ്വിസ്-പ്രോട്ട് എന്നത് പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകളെയും അവയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട വിവരങ്ങളെയും സംഭരിക്കുന്നതിനും കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിനുമായി പ്രത്യേകം രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിട്ടുള്ള ഒരു ഡാറ്റാബേസാണ്.
  • ഇത് യൂണിപ്രോട്ട് കെബി (UniProtKB - Universal Protein Resource Knowledgebase) എന്ന വലിയ ഡാറ്റാബേസിന്റെ ഭാഗമാണ്. യൂണിപ്രോട്ട് കെബിക്ക് രണ്ട് പ്രധാന ഭാഗങ്ങളുണ്ട്: സ്വിസ്-പ്രോട്ട്, TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library).

• പ്രധാന സവിശേഷതകൾ:

  • ഉയർന്ന ഗുണമേന്മയും കൃത്യതയും: സ്വിസ്-പ്രോട്ടിലെ വിവരങ്ങൾ കൈകൊണ്ട് ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്തതും (Manually Curated) അവലോകനം ചെയ്തതുമാണ്. അതായത്, വിദഗ്ദ്ധരായ ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് പ്രൊഫഷണലുകൾ ഓരോ പ്രോട്ടീൻ എൻട്രിയും വിശദമായി പരിശോധിച്ച് വിവരങ്ങൾ ചേർക്കുകയും തെറ്റുകൾ തിരുത്തുകയും ചെയ്യുന്നു.
  • സമഗ്രമായ വിവരങ്ങൾ (Rich Annotation): പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾക്ക് പുറമെ, അവയുടെ പ്രവർത്തനങ്ങൾ, ജൈവപരമായ പ്രക്രിയകൾ, സെല്ലുലാർ ലൊക്കേഷൻ, ഡൊമൈനുകൾ, പോസ്റ്റ്-ട്രാൻസ്ലേഷണൽ മോഡിഫിക്കേഷൻസ് (PTMs), രോഗങ്ങളുമായുള്ള ബന്ധം, വിവിധ പഠനങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള റഫറൻസുകൾ എന്നിവയും ഈ ഡാറ്റാബേസിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.
  • നോൺ-റിഡൻഡന്റ്: ഓരോ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസും ഒരു തവണ മാത്രം ഉൾപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു, ഇത് വിവരങ്ങളുടെ ആവർത്തനം ഒഴിവാക്കുന്നു.

• സ്വിസ്-പ്രോട്ടും TrEMBL-ഉം തമ്മിലുള്ള വ്യത്യാസം:

  • സ്വിസ്-പ്രോട്ട്: വളരെ കൃത്യതയുള്ളതും, കൈകൊണ്ട് ക്യൂറേറ്റ് ചെയ്തതും, സമഗ്രമായി വ്യാഖ്യാനിച്ചതുമായ പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്നു. താരതമ്യേന കുറഞ്ഞ എൻട്രികളാണുള്ളത്, കാരണം വിവരങ്ങൾ വിശദമായി പരിശോധിച്ച ശേഷമാണ് ചേർക്കുന്നത്.
  • TrEMBL: ഇത് സ്വയമേവ വ്യാഖ്യാനിക്കപ്പെട്ട (automatically annotated) പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസുകളാണ്. വലിയ അളവിലുള്ള ഡാറ്റ വേഗത്തിൽ ലഭ്യമാക്കുന്നതിന് ഇത് സഹായിക്കുന്നുണ്ടെങ്കിലും, സ്വിസ്-പ്രോട്ടിനേക്കാൾ കുറഞ്ഞ നിലവാരത്തിലുള്ള വിവരങ്ങളായിരിക്കും ഇതിൽ.

• ചരിത്രപരമായ പശ്ചാത്തലം:

  • സ്വിസ്-പ്രോട്ട് ആദ്യമായി പുറത്തിറക്കിയത് 1987-ൽ അമോസ് ബൈറോക്ക് (Amos Bairoch) ആണ്. ഇത് യൂറോപ്യൻ മോളിക്യുലാർ ബയോളജി ലബോറട്ടറി (EMBL)യുടെ ഭാഗമായി വികസിപ്പിച്ചതാണ്.
  • ഇന്ന്, ഇത് സ്വിസ് ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് ഓഫ് ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് (SIB)-ഉം, യൂറോപ്യൻ ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് ഇൻസ്റ്റിറ്റ്യൂട്ട് (EBI)-ഉം ചേർന്നുള്ള ഒരു സഹകരണ സംരംഭമായ യൂണിപ്രോട്ടിന്റെ ഭാഗമായി പ്രവർത്തിക്കുന്നു.

• മത്സര പരീക്ഷാ വിവരങ്ങൾ:

  • പ്രോട്ടിയോമിക്സ് (Proteomics): പ്രോട്ടീനുകളെക്കുറിച്ചുള്ള പഠനശാഖയായ പ്രോട്ടിയോമിക്സിന്റെ ഒരു അടിസ്ഥാന ഉറവിടമായി സ്വിസ്-പ്രോട്ട് ഉപയോഗിക്കപ്പെടുന്നു.
  • ഡ്രഗ് ഡിസ്കവറി (Drug Discovery): പുതിയ മരുന്നുകൾ കണ്ടുപിടിക്കുന്നതിലും രോഗലക്ഷ്യങ്ങളെ (targets) തിരിച്ചറിയുന്നതിലും സ്വിസ്-പ്രോട്ടിലെ വിവരങ്ങൾ നിർണ്ണായകമാണ്.
  • ജനിതക രോഗങ്ങൾ: മനുഷ്യന്റെ ജനിതക രോഗങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട പ്രോട്ടീൻ മ്യൂട്ടേഷനുകളെയും അവയുടെ ഫലങ്ങളെയും കുറിച്ച് പഠിക്കാൻ ഇത് സഹായിക്കുന്നു.
  • ബന്ധപ്പെട്ട ഡാറ്റാബേസുകൾ:
    • ജെൻബാങ്ക് (GenBank): DNA സീക്വൻസുകൾ സംഭരിക്കുന്നതിനായുള്ള പ്രധാന ഡാറ്റാബേസ്.
    • PDB (Protein Data Bank): പ്രോട്ടീനുകളുടെ ത്രിമാന ഘടനകൾ (3D structures) സംഭരിക്കുന്നു.
    • NCBI (National Center for Biotechnology Information): ബയോമെഡിക്കൽ, ജീനോമിക് വിവരങ്ങൾ നൽകുന്ന ഒരു വലിയ സ്ഥാപനം/ഡാറ്റാബേസ് സമുച്ചയം.