പെർനിഷ്യസ് അനീമിയക്ക് പ്രധാന കാരണം വിറ്റാമിൻ B12 ന്റെ കുറവ് ആണ്.
വിറ്റാമിൻ B12 (സയനോകൊബാലമിൻ) ചുവന്ന രക്താണുക്കളുടെ (Red Blood Cells - RBCs) ശരിയായ രൂപീകരണത്തിന് അത്യാവശ്യമായ ഒരു പോഷകമാണ്. വിറ്റാമിൻ B12 ന്റെ കുറവുണ്ടെങ്കിൽ, അസാധാരണമായി വലുതും രൂപഭംഗിയുള്ളതുമായ ചുവന്ന രക്താണുക്കൾ (megaloblasts) ഉണ്ടാകുകയും, ഇവയുടെ എണ്ണം കുറയുകയും ചെയ്യുന്നു.